اصلاحات ادارای ناپلئون، از قانون اساسی او مهم‌تر بودند. شورای دولتی که در راس دولت قرار داشت، توسط کنسول اول انتخاب می‌شد. بخش‌داران در راس اداره دپارتمان‌ها بودند و طبق سنت دولت‌های باستانی، نظارت بر اجرای قوانین را به عهده داشتند.
ناپلئون نظام قضایی را متحول کرد؛ قضات توسط دولت معرفی شدند و استقلال آن‌ها با عدم عزل مقامشان تضمین شد. او سازمان شهربانی را تقویت کرد و مدیریت مالی را بهبود داد؛ همچنین جمع‌آوری مالیات‌های مستقیم را به‌جای شهرداری‌ها، به مقامات مالی سپرد و «فرانک» را به‌عنوان پول فرانسه معرفی کرد. «بانک مرکزی فرانسه» نیز با مشارکت دولت و سهام‌داران ایجاد شد.
کنسول اول، آموزش‌وپرورش را به سازمانی جهت ارائه خدمات عمومی تبدیل کرد و آموزش متوسطه را به یک سازمان نظامی سپرد. دانشکده‌های جدیدی نیز در دانشگاه‌های فرانسه تاسیس شدند.
ناپلئون عقاید خود را از ولتر می‌گرفت و باور داشت مردم نیازی به دین ندارند و خود نیز به‌شخصه، توجهی به مذهب نداشت. او قصد داشت صلح را به فرانسه بازگرداند و در اوایل سال ۱۷۹۶ میلادی، در ایتالیا با «پاپ پیوس ششم» (Pope Pius VI) آتش‌بس را اعلام کرد. ناپلئون تلاش می‌کرد پاپ را متقاعد کند گزارش‌های خود را علیه کشیشان فرانسوی پس بگیرد؛ کشیشانی که طبق قانون اساسی، استقلال کلیسا را پذیرفته بودند.
ناپلئون طرح کنکوردا، مبنی بر استقلال دولت و کلیسا را با پاپ پیوس هفتم امضا کرد
«پاپ پیوس هفتم» (Pope Pius VII)، در ماه مارس ۱۸۰۰ میلادی، جانشین پاپ پیوس ششم شد. او نسبت به پاپ قبل خود، سازگارتر بود و حدود یک سال بعد، کنکوردای ۱۸۰۱ میلادی را برای آشتی کلیسا با انقلاب امضا کرد.
پاپ، جمهوری فرانسه را به رسمیت شناخت و خواستار استعفای اسقف‌های سابق شد. به اعتقاد او، پیشوایان جدید باید توسط کنسول اول تعیین و توسط پاپ تایید می‌شدند. فروش اموال روحانیون توسط روم به رسمیت شناخته شد و کنکوردا آزادی دولت و خصلت غیرروحانی
آن را پذیرفت.
قانون مدنی فرانسه که تدوین آن در سال ۱۷۹۰ آغاز شده بود، با نظارت کنسکول‌گری پایان یافت و در ۲۱ مارس سال ۱۸۰۴ میلادی منتشر شد. این قانون بعدها به نام «کد ناپلئون» شهرت یافت. در این قانون، آزادی کار، آزادی فردی، آزادی عقیده و مردمی بودن دولت لحاظ شده بود؛ اما این قانون از زمین‌داران حمایت می‌کرد، به کارفرمایان آزادی بیشتری می‌داد و به کارمندان توجه کمتری داشت. قانون تصویب‌شده همچنین با حفظ طلاق، حقوق قانونی محدودی برای زنان قائل می‌شد.
برای ارتش، استخدام از طریق خدمت اجباری با امکان جایگزینی، اختلاط سربازان وظیفه با سربازان قدیمی و صلاحیت همه برای ارتقا به درجات عالی مطرح شد؛ اما تاسیس «آکادمی نظامی سنت سیر» (École spéciale militaire de Saint-Cyr)، برای تربیت افسران پیاده‌نظام، ادامه شغل نظامی برای پسران خانواده‌های بورژوا را آسان‌تر می‌کرد.
«کالج اکوال پلی‌تکنیک» (École Polytechnique)، توسط کنوانسیون ملی برای تامین افسران توپ‌خانه و مهندسان نظامی جهت ساخت تجهیزات جنگی جدید تاسیس شد؛ اما بناپارت به اختراعات فنی در زمینه جنگ بی‌توجه بود و به پاهای سربازان خود برای اجرای ایده ارتش سریع اعتماد بیشتری داشت.
ناپلئون زمستان و بهار سال ۱۷۹۹ تا ۱۸۰۰ میلادی را صرف سازمان‌دهی ارتش برای حمله به اتریش کرد. روسیه از ائتلاف ضدفرانسوی خارج شد، ناپلئون ایتالیا را برگزید و به‌طور غیرمنتظره‌ای پشت سر ارتش اتریش ظاهر شد که جنوا را محاصره کرده بود.
نبرد «مارنگو» (Marengo)، در ۱۴ ژوئن سال ۱۸۰۰ میلادی، بین نیروهای فرانسوی تحت فرماندهی ناپلئون با نیروهای اتریشی در نزدیکی شهر «الساندریا» (Alessandria)، در ایتالیا درگرفت و ناپلئون در این جنگ پیروز شد. ارتش دیگر فرانسه در دسامبر، اتریشی‌ها را در آلمان شکست داد. اتریش «معاهده لونویل» (Treaty of Lonville) را در فوریه ۱۸۰۱ میلادی امضا کرد و به موجب آن حق فرانسه بر آلپ و پیرنه را به رسمیت شناخت.
بریتانیای کبیر در جنگ با فرانسه ماند؛ اما به‌زودی او نیز از مبارزه کناره گرفت. مقدمات صلح در اکتبر ۱۸۰۱ میلادی در لندن فراهم شد و به خصومت‌ها پایان داد؛ سپس دو دولت در ۲۷ مارس ۱۸۰۲ میلادی، پیمان صلح را امضا کردند. صلح در اروپا برقرار شد، اعتبار کنسول اول بیشتر از گذشته شد و نشان قدردانی ملی فرانسه به او اعطا گشت.
معاهده صلح با انگلستان برای ناپلئون بناپارت نقطه آغاز برتری جدید فرانسه بود. او قصد داشت بدون اینکه عوارض گمرکی را کاهش دهد، نیمی از اروپا را به بازار فرانسه تبدیل کند. کنسول اول همچنین قصد داشت مصر را دوباره فتح کند تا قدرت و نفوذ فرانسه در مدیترانه و اقیانوس هند را گسترش دهد.
یک همه‌پرسی در ماه مه سال ۱۸۰۲ میلادی برگزار شد تا ناپلئون بناپارت کنسول مادام‌العمر فرانسه شود. در ماه اوت رای به او تمدید شد و حق تعیین جانشین را نیز به وی دادند. ناپلئون در اروپا از مرزهای فرانسه فراتر رفت و حکومتی متمرکز را بر فدراسیون سوئیس تحمیل کرد؛ همچنین در آلمان به شاهزادگانی که با معاهده لونویل خلع ید (رفع تصرف از متصرف به استناد حکم دادگاه) شده بودند، غرامت پرداخت.
بریتانیا از قدرت فرانسه در زمان صلح نگران شد و برای او قابل‌تحمل نبود که فرانسه از خط ساحلی قاره از جنوا تا «آنتورپ» (Antwerp؛ از شهرهای بندری بلژیک) را فرماندهی کند.
معضل بین فرانسه و انگلستان، جزیره مالت (Malta)، بود. طبق پیمان صلح فرانسه و انگلیس، این جزیره فتح‌شده توسط فرانسه باید به انگلستان بازپس داده می‌شد. انگلیسی‌ها به بهانه اینکه هنوز بعضی از بنادر «ناپل» (Naples)، توسط فرانسه تخلیه نشده است، از ترک جزیره خورداری کردند و روابط فرانسه و بریتانیا تیره شد. فرانسه در ماه مه ۱۸۰۳ میلادی به بریتانیا اعلام جنگ کرد.
دولت بریتانیا به فکر نقشه‌ای برای برکناری یا ترور ناپلئون بود. او برای دست‌یابی به این هدف، سلطنت‌طلبان فرانسه را تطمیع کرد تا توطئه‌های خود را از سر بگیرند. نقشه ترور ناپلئون با بودجه بریتانیا در سال ۱۸۰۴ میلادی فاش شد. ناپلئون تصمیم گرفت با واکنش شدید، مخالفان خود را متوقف کند.
پلیس، «دوک دو انگین» (Dok Do Engin)، جوان فرانسوی و از فرزندان خاندان سلطنتی بوربورن‌ها در آلمان را عامل اصلی توطئه دانست. «جوزف فوشه» (Joseph Fouche)، رئیس پلیس فرانسه، با تالیران توافق کردند و دوک دو انگین را در خاک بی‌طرف ربودند؛ سپس او را محاکمه و تیرباران کردند.
